Cermaq etablerte seg i Chile i 2000, og har siden år 2005 vært blant de tre største selskapene i landet med mellom 6 og 9 % av markedsandelen i eksport.
I 2007 kollapset betydelige deler av den chilenske oppdrettsnæringen som følge av et norsk virus (ILA) på atlantisk laks. Cermaq hadde en mindre andel atlantisk oppdrettslaks i forhold til stillehavslaks og ørret, og ble mindre påvirket av kollapsen enn andre selskap.
I oktober 2012 kjøpte Cermaq det chilenske selskapet Cultivos Marinos (med 10 prosent av markedet) for 110 USD og ble med det landets største eksportør av laks og ørret (ca 17% av markedet).